Обычно считается, что ниндзя — это члены обособленных кланов, сформировавшихся из людей, оказавшихся в средневековой Японии вне общества: ронинов (самураев, оставшихся без князей), бежавших от расправы мятежников и преступников, бродячих монахов (не приписанных ни к одному монастырю), отшельников, а также из жителей уединенных горных селений. Когда в Японии началась эпоха феодальных войн, длившаяся пять веков подряд, их стали нанимать для шпионажа и диверсионно-террористической деятельности удельные князья, принадлежавшие к противоборствующим военно-политическим группировкам.
Объясняют это тем, что подобные задачи, согласно господствовавшим представлениям о морали, наиболее успешно могли решать не самураи, подчинявшиеся требованиям ведения войны «по правилам», а те, кто находился как бы за пределами общественной иерархии, не подчинялся общепринятым нормам. Их презирали, ненавидели и боялись, но пока шли бесконечные войны, обойтись без них не могли. Внутри этих кланов постепенно сложилась специальная дисциплина, главной целью которой являлось теоретическое обоснование наилучших способов незаметного проникновения В ряды противника, выведывания его секретов и сокрушения изнутри. Она получила название "ниндзюцу" — искусство быть невидимым (имеется в виду для противника). Так появились ниндзя — потомственные профессиональные разведчики, террористы и диверсанты феодальной Японии.
Однако реальная, а не легендарная история ниндзя и ниндзюцу выглядит иначе. Прежде всего, необходимо подчеркнуть, что слово "ниндзя" в японском языке появилось только в XX веке. Раньше в значении "тайный шпион, лазутчик" употреблялся термин "синоби", точнее "синоби-но-моно". Причем этим термином именовались шпионы вообще, безотносительно их принадлежности к каким-либо кланам. Соответственно, слово "синобу" (а не "нин-дзюцу") обозначало обычное искусство шпионажа и разведки, диверсий и саботажа, без налета мистики, клановости и т.д.
Этот тезис подтверждается, во-первых, широким употреблением производных от "синоби" слов: синобиёру — подкрадываться; синобииру — тайно проникать куда-либо; синоби-сугата-дэ — переодевшись, инкогнито, под чужим именем; синоби-аруку — ходить крадучись; синоби-аси-дэ — на цыпочках, тихонько, и других из того же ряда. Во-вторых, тем фактом, что техника шпионажа входила отдельным разделом в программу обучения таких типично "самурайских" школ бу-дзюцу, как Айсу Кагэ-рю, Катори Синто-рю, Камиид-зуми-рю, Итидзэн-рю, Курама Ёсин-рю и других, не имевших никакого отношения к пресловутым горным кланам отщепенцев.
В период феодальных распрей шпионы действительно использовались всеми удельными князьями и полководцами, а потому школы "синобу" возникали по всей стране. Однако наибольшую славу на поприще тайной войны снискали жители провинции Ига, а также уезда Кога в провинции Оми, где сложились две наиболее крупные школы шпионажа: Ига-рю и Кога-рю. Провинция Ига полностью окружена горными хребтами Судзука и Касаги, которые, по сути дела, изолировали ее от остальной территории страны. В то же время средневековая столица Японии — Киото — находится недалеко, в каких-нибудь 80 километрах от Ига. Поэтому с древнейших времен эта горная область становилась прибежищем тех, кто по какой-то причине не ладил с властями. Сюда бежали разорившиеся крестьяне, остатки дружин разгромленных политических группировок, религиозные еретики, здесь же искали просветления ямабуси и последователи доктрины Сингон.
Согласно историческим изысканиям японских ученых, традиция синобу, или нин-дзюцу, зародилась в Ига и Кога уже в Х веке. А своего расцвета она достигла к середине XVI века. Постоянные занятия шпионажем на протяжении нескольких столетий, в сочетании с мощным влиянием синкретического религиозного учения Сюгэндо (Путь обретения сверхмогущества) -и эзотерического буддизма Сингон породили феномен уникальной культуры горцев Судзука (по названию горного хреба, проходящего через Ига и Кога). Влияние этой культуры на нин-дзюцу было столь велико, что многие современные историки считают истинными школами нин-дзюцу лишь те, которые так или иначе связаны с ней. Иными словами, с их точки зрения, нин-дзюцу — это единство трех аспектов: искусства шпионажа, диверсий, террора; особого мировоззрения; различных эзотерических практик религиозного характера.
На самом же деле нин-дзюцу может выступать в двух ипостасях: в качестве искусства тайной войны вообще, а также как специфическое порождение культуры Судзука.
Проблема пресловутых "отщепенцев", создавших нин-дзюцу для своего выживания в условиях постоянных гонений со стороны официальных властей, при ближайшем рассмотрении тоже выглядит по-другому. В частности, твердо установлено, что кланы Хаттори, Момоти и Фудзибаяси (основные кланы ниндзя провинции Ига) ведут свое происхождение от дворцовой аристократии (кугэ), в силу разных причин утративших прежнее высокое положение.
В книге XVIII века "Букэ Мёмокусё" (Обозрение самурайских родов) сказано: "В Кога и Ига было много дзи-самураев. После периода Онин (1467—1477 гг.) эти дзи-самураи объединились в многочисленные группировки, и развили могучее военное искусство, не признававшее никаких законов и правил, кроме одного — использовать все возможности, чтобы победить". Надо пояснить в этой связи, что дзи-самураи — это вовсе не крестьяне, а мелкие феодалы, имеющие земельные угодья ("дзи" по-японски значит "земля"). Японские историки установили, что ниндзя, или синоби Ига и Кога вышли из слоя госи — мелких военных феодалов, имевших свои поместья и не подчинявшихся удельным князьям (даймё). В отличие от них, обычные самураи как правило не имели земли и служили за паёк рисом.
Следовательно, "таинственные кланы" людей, стоявших вне закона и вне общества улетучиваются, а на их месте появляются мелкие феодалы, содержащие дружины и воюющие за сохранение и расширение своих владений. В своей борьбе они чаще, масштабнее и успешнее других феодалов использовали средства и методы тайной войны. Это давало им в озможность подрабатывать (попутно решая свои собственные задачи) поставкой тайных агентов для крупных феодалов. Соответственно, все "гонения" на ниндзя заменяются походами крупных феодалов против объединений госи и дзи-самураев из провинций Ига и Кога. В частности, в знаменитой битве Тэнсё Ига-но-ран против войск полководца Нобунага Ода сражались не кланы ниндзя, а объединенные силы госи провинции Ига (Ига-куни сококу-икки).
Причины широкого интереса к нин-дзюцу на Западе трудно объяснить однозначно. Видимо, это результат сочетания целого ряда факторов. Так, известный американский пропагандист нин-дзюцу С. Хайес считает, что в современном западном обществе фактически царит тот же произвол власть имущих, то же беззаконие, что и в Японии XIII—XVI веков. Поэтому многие люди понимают, что заботиться о личной безопасности и безопасности членов семьи необходимо им самим. Для таких людей философия и технические приемы ниндзя создают возможность контролировать происходящие события хотя бы на уровне микросреды.
К числу других факторов можно отнести всеобщий интерес к методам выживания в условиях дикой природы и в районах военных действий, массовое увлечение восточной мистикой и эзотерическими культами, а также неизменную притягательность всего экзотического и таинственного.
В Японии известны сейчас около двух десятков человек, претендующих на то, что они якобы являются хранителями традиций тех или иных школ нин-дзюцу. Однако в остальном мире получили известность только двое из них. Это Хацуми Масааки-Ёсиаки (1931 г.р.) и Танэмура Сёто (1947 г.р.). Первый из них создал международную организацию Бусинкан-Нин-Дзюцу, второй — Гэнбукан-Нин-Дзюцу.